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目前我国外贸出口方式主要有一般贸易出口、加工贸易出口（包括来料加工、进料加工、深加工结转）、对外承包工程出口货物、保税仓库进出境货物、易货贸易、补偿贸易等。其中，加工贸易是仅次于一般贸易的主要的贸易方式之一。
目前加工贸易出口退税政策存在的主要问题包括以下方面：
1．对采取来料加工贸易方式企业的国内采购部分不予退税，不利于提高国内采购率。
现行政策规定，来料加工企业若需购买国产原材料，外商要用外汇通过有进出口权的外贸公司购买，海关对此视为出口，但因货物在国内交货而未离境，税务部门不予退税，即使最终产品出口后，对这部分料件也不予退税，影响了国内购料供货的积极性。由于对来料加工不实行退税，与进料加工相比，来料加工国内采购率明显偏低。
按照我国增值税的有关规定，深加工结转应按照内销方式，先征收17%的增值税，并在最后出口环节办理出口退税手续。但在实践中，在税收政策的执行方面，我国各地区执行不一致：有的地区按照规定实行先征后退的深加工结转政策；有的地区尤其是贸易发达地区实行不征不退的深加工结转政策，即对出口企业加工贸易深加工结转环节不予征收增值税。各地执行政策不一致造成不同地区企业间的不公平竞争。
加工贸易是近年来出口增长的重要方式。它的发展对于农村工业化和城市化进程有重要的推动力量。目前应采取措施促进加工贸易的转型升级。
1．对来料加工国内采购给予退税。这将有力地促进来料加工贸易企业扩大使用国内料件，带动国内上游产业出口，加长加工贸易的国内产业链。由于我国国内来料加工企业的大多数产品会进入国际市场，对于国内零部件供应商而言其产品属于间接出口。对这部分产品实行出口退税，可以刺激国内来料加工企业的国内采购。
2．明确加工贸易深加工结转的政策。因为深加工结转有利于延长加工贸易在国内的价值链，提高加工贸易的附加价值，所以应采取措施促进深加工结转的发展。在税收方面，需要尽快明确深加工结转的税收政策。笔者的看法是，目前对采用进口料件的深加工结转继续实行不征不退的税收政策；为鼓励企业使用国产料件，对涉及采用国产料件的结转货物给予退税，由海关对含国产原材料成分的结转产品进行保税监管。今后通过各部门计算机联网，能够对货物实行有效的风险控制时，对深加工结转可以分段办理“免、抵、退”税手续。
3．加强各部门合作。当前我国加工贸易企业“遍地开花”，监管难度大。近年来，我国参照国际经验建立出口加工区，以提高对加工贸易的管理水平和效率。但是，由于加工区有关规定脱离加工贸易发展实际等原因，出口加工区政策出台以来，实际运作效率并不理想，许多企业不愿进入出口加工区。在这种情况下，税务部门应积极与海关等部门合作，加强监管，设计更科学的税收政策。